1.结核性附睾炎很少有疼痛，触诊时，附睾与睾丸界限清楚，输精管呈串珠状，前列腺表面高低不平，两侧精囊增厚，涂片可见“无菌版尿，培养可找到结核杆菌。
2.睾丸肿瘤
为无痛性肿块，当肿瘤内出现急性出血时，可使睾丸白膜因胀力突然增加出现睾丸附睾疼痛。睾丸肿块可与正常的附睾区分开来，前列腺检查及尿液分析均正常。如存有疑问，可查绒毛膜促性腺激素，约15%的睾丸肿瘤可阳性。当诊断不能肯定时，宜术中做快速病理检查，再决定是否行睾丸切除术。
3.精索扭转
常见于青春期前儿童，偶见于成人。附睾炎多见于年龄组偏大者。在精索扭转早期，触诊可及附睾位于睾丸前方，睾丸向上方收缩，后期附睾和睾丸形成一个增大有压痛的团块。prehn征有助于对两者的鉴别:将阴囊抬高至耻骨联合处，如疼痛减轻，多为附睾炎，如疼痛加剧，多为精索扭转，如扭转不能排除，应手术探查。
4.睾丸或附睾附件扭转
是青春期前男孩的一种罕见病。这些有蒂的物体可缠绕，产生局部的疼痛和肿胀。早期在睾丸上极可扪及硬结节，而附睾是正常的。晚期整个睾丸肿胀难以鉴别是附睾炎、精索扭转还是附件扭转。因为精索扭转必须及时治疗，所以在这种情况下，应积极手术探查。
5.睾丸损伤可致急性附睾炎，但有外伤史和无脓性尿液可帮助鉴别。
6.流行性腮腺炎所致的睾丸炎
通常伴有腮腺炎，往往无泌尿系统症状，尿沉渣内无脓细胞和细菌。