鼻咽癌的病因有多种，经研究调查，遗传因素和病毒因素是造成鼻咽癌的两大“罪魁祸首”，鼻咽癌病人常有明显家族史，也就是说，鼻咽癌会有一定的遗传概率，除此之外，90%的鼻咽癌病人都曾经感染过EB病毒，但专家认为，EB病毒是不是鼻咽癌的病因，需要进一步证实。
㈠遗传因素：鼻咽癌的发病有明显的地区性，有明显的种族和家族聚集性。鼻咽癌好发于黄种人，很少见白种人患有此病。鼻咽癌发病高的家族如迁居海外，其后裔仍保持高发病率的倾向。鼻咽癌病人常有明显家族史。这些现象说明遗传背景在本病发生中起着一定的作用。
㈡病毒因素：我国90%以上的人在年幼时都已感染过EB病毒，EB病毒的感染是十分普遍的。而鼻咽癌的发生具有明显的地区性，因此不能认为EB病毒的感染就是鼻咽癌的病因。但是在大量研究中又发现EB病毒与鼻咽癌的关系十分密切。
⑴对鼻咽癌病人的血清用免疫酶法检测抗EB病毒壳抗原的免疫球蛋白A（VCA/IgA），发现其抗体阳性率为90.9%，而其他肿瘤，包括头颈部癌，其抗体阳性率仅为3.5%，正常人的抗体阳性率是0.6%。同时，VCA/IgA的抗体滴度可随病情的康复而逐渐下降。反之，当病情复发或恶化时则抗体滴度又明显升高。此外，不论高发区或低发区内的鼻咽癌病人，其EB病毒核抗原（EBNA）100%为阳性，而其他头颈部癌全部阴性。
⑵通过多聚酶链反应（PCR）技术进行扩增检测，证实鼻咽癌细胞内存在有EB病毒的的片断（DNA和BamHIW片段），而在正常鼻咽部组织中则不存在这一片段。
⑶在体外，用含有EB病毒的细胞株感染鼻咽上皮细胞后，受感染的上皮生长加快，核分裂相亦多见。在鼻咽癌组织中，EB病毒不只是处于潜伏状态，而且有病毒的复制。
尽管如此，EB病毒是不是鼻咽癌的病因，尚没有肯定下来。进一步的研究工作在进行之中。